一份葡萄糖到底生成多少份ATP?简单考题背后的复杂科学
文章标题中的问题,对于不少生物、医学类的本科生,甚至包括高中竞赛生,都应该不陌生。在无氧酵解的情况下,假定三羧酸循环和氧化磷酸化完全不使用葡萄糖代谢物为原料,酵解1分子葡萄糖,需要消耗2分子ATP,并生成4分子ATP,最终净得2分子(见图1)。这一点没有什么争议。
但若是彻底氧化分解呢?旧版的教科书会写36-38分子ATP,新版的则变成30-32。现在问题来了:
1、为什么无论哪个版本的数据,都是一个区间而不是定值?
2、为什么新版的比旧版的低?
3、新版的就是正确的吗?
如果你是应试学习党,请关闭窗口,停止阅读。老师的PPT上写多少,你就填多少,保证万无一失。但若想了解这背后的生化原理,请耐心读完。
一、为什么ATP生成量不是定值,而是一个区间?
这个问题相当好理解。实际上,只要把教科书多翻几遍,就能找到答案了。
首先假定反应效率为100%。在分解代谢中,提取营养物质的化学能并转化为ATP的过程,是需要靠辅酶来当中介的。糖代谢产能所涉及的重要辅酶包括了NADH和FADH2。线粒体复合物能够将这些还原型的辅酶给氧化掉,抽取电子,泵出质子,从而产生质子梯度,形成化学能势差,推动ATP的生成。
划重点:这个过程是在线粒体中进行的。换句话说,如果NADH和FADH2无法进入线粒体,它们就不能作为氧化磷酸化的中介了。
这时候回过头看前面的图1。我们可以发现,1份葡萄糖在糖酵解过程中生成了2份NADH。然而,这2个NADH是待在胞浆中的,无法直接参与氧化磷酸化。同时,NADH无法自由穿透线粒体膜。
怎么办?靠shuttle。
第一种途径是Malate-aspartate shuttle(苹果酸-天冬氨酸穿梭)。如图2所示,在线粒体内膜上,有一个叫MKA的antiporter(反向协同转运体),它能将malate运入线粒体基质,并把α-ketoglutarate(α-酮戊二酸,α-KG)运出线粒体膜外。糖酵解产生的NADH,可以用于把oxaloacetate(草酰乙酸)还原为malate。这就相当于在malate身上寄存了NADH的还原力。当malate被MKA运入线粒体基质后,又会被氧化成oxaloacetate,将其中的还原力释放出来,重新形成NADH。(当然了,这个shuttle还有后半部分,请自己读图,不再详解。)如此一来,NADH就从胞浆“偷渡”到线粒体基质,参与了氧化磷酸化。
Malate-aspartate shuttle并不是唯一的途径,还有一种叫glycerol-3-phosphate shuttle(甘油-3-磷酸穿梭,G3P shuttle)。如图3所示,胞浆的G3P脱氢酶,可以利用NADH把dihydroxyacetone phosphate(磷酸二羟丙酮,DHAP)还原为G3P。携带着还原力的G3P可以被线粒体内膜上的G3P脱氢酶捕获,重新氧化成DHAP,但此时释放的还原力,是以FADH2的形式寄存的。
NADH的电子传递起始于线粒体复合物I,而FADH2则起始于复合物II,后者少传一步。因此,
NADH和FADH2相对于ATP的化学计量并不相同。因此,搭乘不同shuttle最终交换得到的ATP数量,并不相同。
二、为什么新版教材的数值比旧版的低?
答案的关键在于NADH和FADH2相对于ATP化学计量的修正。
旧版教材的数据,当然来自于早期的实验结果与推论。基本上,早期的研究是假定所有的反应速率,包括每一步氧化还原和物质转运等生化进程,都以最高且协同的步伐在运作的。因此,在那个假定所有步骤都能瞬间完成的年代,科学家认为,1个NADH可以生成3个ATP,而1个FADH2可以生成2个ATP。
然而现实世界并非那么完美。从葡萄糖开始,到ATP结束,中间涉及数十步反应,也有涉及许多物质转运步骤。然而近年针对这些酶与转运体的研究发现,它们的动力学并不是处在一致的速率水平上的。
此外,线粒体生成的ATP需要转运到胞浆中去。每转运1个ATP到胞浆,交换1个ADP到线粒体基质,就等价于消耗一个质子。这是因为ATP比ADP多带1个负电荷,当1个ATP跑到线粒体膜间质时,就相当于中和掉了膜间质的1个质子。(见图4,绿色示ADP-ATP转位酶,转位相当于净运输了负电荷到线粒体膜间质,中和了其正电电势。)
基于上述发现,近年的教科书将这部分内容修正为:1个NADH生成2.5个ATP,而1个FADH2生成1.5个ATP。因此,新版教材的数据就要比旧版的小一些。
三、修正后的数据就是准确不变的吗?
答案是否定的。
我们依然先把一些效率上的因素排除——但这并不代表效率就不重要。事实上,线粒体电子传递并不是完美的,部分电子会随机地从传递链中泄漏出去,和其他物质反应形成自由基,参与了许多正常生理与异常病理过程。
现在把目光锁定在最后一步:由ATP synthase(ATP合酶,见图5)催化的ATP生成过程。
ATP合酶是由好几个亚单位构成的,我们不逐一解读,只看几个关键的。在线粒体内膜上,镶嵌着许多c亚单位,围成一圈。每1个c亚单位能够结合1个质子,并像齿轮一样转动。在转动的过程中,把质子送到线粒体基质中,并借助传动杆γ亚单位,促使位于线粒体基质的α与β亚单位协作合成ATP。
在目前鉴定的所有线粒体结构中,α+β亚单位都是以3聚体的形式存在(请记住这个数字3),并在被驱动旋转的过程中反复发生着构象变化。大体上可以理解为这3个过程:1、吃进ADP+Pi;2、合成ATP;3、吐出ATP,又吃进ADP+Pi。
因此,c亚单位旋转一周,α+β亚单位也会跟着旋转一周,生成3个ATP(因为α+β呈3聚体)。
这时候问题就来了,一个质子到底能形成多少ATP,从理论上推测,应该是由c亚单位的数量来决定的。换句话说,要多少个质子才能推动c亚单位转一圈?
许多教科书上都会认为,在不考虑ADP-ATP转位的情况下,假定c亚单位有10个,就能得出10个质子生成3个ATP,每1个ATP需要3.3个质子(10除以固定的3)。
但是,c亚单位的数量在不同物种中是不一样的。比如,牛心脏的线粒体ATP合酶c亚单位的数量是8,酵母菌是10,大肠杆菌是10-12。总体上,这个数字会落在8-15这个区间里。然而,教科书仅仅给出了其中一种情况。
最后需要指出的是,要精确测量1个葡萄糖能够生成多少ATP,是极为困难的挑战。我们目前所得到的这些数字,是由许多实验数据共同总结并推理而成的。目前,这项工作还在继续,说不定在未来的某个时候,我们的教科书又需要改写了。
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